За MSD Manual (коліно), єдине абсолютне протипоказання — інфекція шкіри чи глибших тканин у місці, де має пройти голка. Водночас там сказано: якщо інфекційний артрит сильно запідозрено, артроцентез слід виконувати попри почервоніння чи негативний результат УЗД, бо інфекцію суглоба не можна пропустити. Відносні протипоказання за MSD Manual (для коліна): тяжка схильність до кровотеч, яку, можливо, доведеться виправити до процедури, та протез суглоба: аспірацію протеза зазвичай має виконувати ортопед. Регулярний прийом антикоагулянтів протипоказанням не є, особливо за підозри на інфекцію. StatPearls додає до відносних протипоказань целюліт над суглобом, гострий перелом, остеомієліт поруч і неспроможність пацієнта співпрацювати.
Ускладнення MSD Manual (для коліна) описує як нечасті: інфекція та пошкодження сухожилка, нерва чи судини. StatPearls згадує також кровотечу в суглоб, яка зазвичай минає сама за кілька тижнів, і «суху пункцію», коли рідину отримати не вдалося. Якщо після процедури посилюються почервоніння, біль чи набряк, MSD Manual радить оглянути суглоб на інфекцію, коли це триває понад 12 годин.