За NHS, ускладнення рідкісні, але можливі: реакція на седацію, кровотеча із заднього проходу й ушкодження кишки (перфорація). Ускладнення самої седації, за BSG, переважно серцево-легеневі: нестача кисню, падіння тиску, аспіраційна пневмонія, порушення ритму, непритомність. Кровотеча після видалення поліпа буває відстроченою; BSG і ESGE окремо звертають увагу на людей, яким переривали антитромботичні ліки, бо вона часто виникає після їх відновлення.
Висока температура, відчуття жару, холоду чи озноб після колоноскопії: NHS радить терміново телефонувати до закладу, де її робили, або звернутися до лікаря того ж дня. До лікаря того ж дня NHS радить і тоді, коли випорожнення чорні чи темно-червоні або є кривава діарея.
Одразу телефонуйте 103 при гострому болю в черевній порожнині чи/та поперековому відділі, раптовому болю в грудній клітці, раптовому розладі дихання, відсутності дихання, неефективності дихання, значній зовнішній кровотечі, блюванні кров’ю, кровохарканні, ознаках внутрішньої кровотечі (різке падіння артеріального тиску, наростання частоти пульсу, різка загальна слабкість та блідість шкіри тощо), анафілактичній реакції, непритомності або порушенні притомності та інших станах, які загрожують життю та здоров’ю (Правила виклику бригад екстреної медичної допомоги, наказ МОЗ № 583, п. 4). Якщо сумніваєтеся, телефонуйте 103: диспетчер вирішить, чи направити бригаду, або порадить, куди звернутися (п. 11).
Після колоноскопії при сильній кровотечі із заднього проходу чи кровотечі, що посилюється, сильному болю в животі, що наростає, болю в грудях чи блюванні, яке не вдається зупинити, а також коли кровотеча із заднього проходу не припиняється чи крові багато (вода в унітазі червоніє, видно великі згустки), NHS у таких випадках радить викликати швидку або негайно їхати до відділення невідкладної допомоги. В Україні телефонуйте 103 — диспетчер вирішить, чи направити бригаду, — або попросіть когось негайно відвезти вас до лікарні (не сідайте за кермо самі).