Настанова ДЕЦ МОЗ серед можливих ускладнень ЕГДС називає, зокрема, кровотечу, перфорацію (наскрізне пошкодження стінки), інфекції, побічну дію седації чи анестезії, аспірацію й реакцію на місцевий анестетик. NHS наголошує, що ускладнення рідкісні; для колоноскопії називає реакцію на седацію, кровотечу й перфорацію кишки, а для біопсії загалом — біль, інфекцію та, при деяких її видах, внутрішню кровотечу. Для біопсії виразки шлунка настанова ДЕЦ вказує протипоказання: шлунково-кишкову кровотечу або важку коагулопатію.
За NHS, звичайними є біль у шлунку й горлі, що минає за кілька годин після гастроскопії. Здуття чи спазми на 2–3 години й кров у калі чи із заднього проходу упродовж пари днів NHS вважає поширеними після колоноскопії. Настанова ДЕЦ МОЗ вимагає попереджати, що після ЕГДС до лікаря обов’язково слід звернутися при болю в грудях чи животі, гарячці, здутті живота, ознаках шлунково-кишкової кровотечі.
Одразу телефонуйте 103 при гострому болю в черевній порожнині чи/та поперековому відділі, раптовому болю в грудній клітці, раптовому розладі дихання, відсутності дихання, неефективності дихання, значній зовнішній кровотечі, блюванні кров’ю, кровохарканні, ознаках внутрішньої кровотечі (різке падіння артеріального тиску, наростання частоти пульсу, різка загальна слабкість та блідість шкіри тощо), анафілактичній реакції, непритомності або порушенні притомності та інших станах, які загрожують життю та здоров’ю (Правила виклику бригад екстреної медичної допомоги, наказ МОЗ № 583, п. 4). Якщо сумніваєтеся, телефонуйте 103: диспетчер вирішить, чи направити бригаду, або порадить, куди звернутися (п. 11).
Окремо NHS називає після гастроскопії блювання, яке не минає, задишку, сильний біль у шлунку чи грудях або такий, що посилюється; після колоноскопії — рясну чи наростаючу кровотечу із заднього проходу, біль у грудях, сильний біль у животі, що наростає, і блювання, яке не вдається зупинити. NHS у таких випадках радить викликати швидку або негайно їхати до відділення невідкладної допомоги. В Україні телефонуйте 103 — диспетчер вирішить, чи направити бригаду, — або попросіть когось негайно відвезти вас до лікарні (не сідайте за кермо самі).
Високу температуру, жар чи озноб, а після гастроскопії ще й темний, чорний стілець, схожий на смолу, NHS вважає підставою терміново звернутися до лікаря того ж дня або в заклад, де робили обстеження.