Ризик венозного тромбоемболізму після термічної абляції ESVS оцінює як низький. За метааналізом, який наводить настанова, після абляції великої підшкірної вени тромб біля місця впадіння в глибоку вену (EHIT) виникав в 1,7 % випадків, тромбоз глибоких вен — у 0,3 %, тромбоемболія легеневої артерії — в 0,1 %, причому для РЧА і лазера окремо результати були подібними. Клінічне значення EHIT, за ESVS, досі не зрозуміле.
Серед інших ускладнень ESVS називає тромбоз поверхневих вен, потемніння шкіри (гіперпігментацію), порушення чутливості (парестезії), гематоми і, у виняткових випадках, термічне ушкодження шкіри. Якщо стовбур вени лежить дуже близько до шкіри (до 5 мм), запалення, пігментація й ущільнення після абляції можуть бути вираженішими. За давньою настановою NICE (2003), парестезії частіше траплялися, коли обробляли вену нижче коліна.